PC-8001エミュレータ作ってる時、作業フォルダを変更したことがあるのですが、おそらくそのタイミングで、Arduino IDEが変になったことがありました。
タブの並び順です。
変になる前は、ino ファイル（拡張子無し）が先頭にあり、その後 、アルファベット順に *.c / *.cpp / *.h ファイルが続いてました。
別フォルダを作って、ソース一式をコピーしたところ、ino ファイルまで含めた全ファイルのアルファベット順になってしまいました。
M5N80.ino はずっと後ろ（→）の方に行ってしまった…。
変だなー、と思いつつも、気にせずコンパイルしたところ、エラーが発生。
うーん、コンパイルがタブ順に行われていて、ino より 先に ATTRIB.c がコンパイルされたのが原因っぽい気がします。何で順番が入れ替わった？手動で順番を入れ替える方法がわからず、どうしようもない状態に。
元のフォルダでコンパイル確認してみると、無事成功します。フォルダ全体で差分を取ってみたのですが、何も差は無し。
なにこれー。
一度 ino だけのプロジェクトを作って、あらためて他のファイルを追加してみても、やはりソートされてしまいます。
しょうがないので、ソートしたときに ino が先頭に来るように、Mより前のアルファベットのファイル名を小文字にしてみました。
並び順で ino ファイルが先頭になった。そして、コンパイルも成功！
ええー。納得いかないですが、そういうもんなんですかね。いい解決法があれば教えてほしいです。
（2020/04/05追記）
わかりました！フォルダ名と、inoファイル名の大文字小文字が完全に合っていないとダメでした。大文字小文字まで合わせることで、メインのinoファイルとして認識され、最初にコンパイルを行ってくれるみたいです！
tobozoさんからもらったPull Requestで気が付きました…！
Changed case on the file
https://github.com/shikarunochi/m5n88Q/pull/1/commits/4af3786e9f0d1aa8095065bd873c103628002f3d